馬英九當選後，要求重查三一九案的聲音一直未停止過。三一九案該如何處理的問題，對台灣的司法獨立有著重大影響，因此必須慎重處理。基本上，處理此案的原則是：總統和政黨都不應插手，更不應干預，必須讓司法自行決定是否重開調查。對於總統當選人馬英九，更須明確表示，他和他的政府絕不干預司法，因為司法獨立比什麼都重要。
馬英九至今沒有表示是否贊成重查，這是適當做法，但仍然不夠。曾一再表示司法應該獨立的他，有必要抓住機會，向公眾表明：行政部門絕不插手司法，總統既無權也不應該影響司法，是否重查該案，由司法部門自行決定。
在司法部門中，決定是否重開調查的是最高檢察署和台南地檢署，這兩個部門應在沒有任何政治因素影響下，以專業的檢察標準去決定是否重查該案。
除了檢察部門，另一重開調查的途徑是：只要有人提訟 (當然須提出要求重查的理由)，法院就可以考慮是否受理有關訴訟。既然民進黨內部有人主張重查此案，以劃清該黨與此案的關係，那麼讓民進黨的代表提出有關訴訟，未必不是一個很好的安排。此案既已造成民眾對立和政黨對立，因此在政治上就有重查的必要；如果此案能夠重新調查和審訊，而調查和審訊的結果又具有公信力，就可以化解對立，消除疑慮。
陳水扁政府時，不少民眾都懷疑司法不能獨立，台灣的法治因此受到破壞；即將上台的新政府，正好利用這個時機去重建司法獨立。大家都說重建經濟和展開兩岸談判是新政府的首務，但其實在內政方面，重建法治(rule of law)可能比重建經濟更為重要。
一個社會要能真正推行法治，自然不是一蹴可成，必須經過長期奮鬥。法治的一個重要觀念是「讓公眾看到」 (to be seen)：法治要能行，必須人人守法，但要人人守法，司法本身就必須讓公眾相信是公平的，因此審訊和裁決除了必須具有專業水準以外，更須獨立，絕對不能受政治和黑金的影響。在完全獨立和不受任何影響的情況下，法院不斷就不同案子作出公正的裁決，這樣才可取信於民，民眾對司法有了信心，法治就可以建立。
對於重建司法獨立，馬英九應訂出「行政不干預司法」的長期政策，並且利用每一個機會去重申這個政策不會改變；至於台灣司法界，也必須下定決心，去打一場長期的司法獨立戰爭。在「讓公眾看到」的原則下，那些令民眾起疑的案子--例如三一九案、國務機要費案、高官特別費案等，都必須一一清理，以昭公信。為了要達到真正的法治，司法獨立的長期戰爭是非打不可的。(世界日報，4.8.2008)
(附及：關於是否兼任黨主席的問題，馬英九應該以黨政分家的原則去處理，所以擔任總統的他，並不適合去兼任黨主席。)
留言
" 馬英九應該以黨政分家的原則去處理，所以擔任總統的他，並不適合去兼任黨主席。)" I agree with Mr. 邱鴻安
發表: 高世 | April 8, 2008 11:05 AM
不當黨主席，就難協調立法院，更難控制王金平，將會為施政帶來阻力。
發表: 府會 | April 8, 2008 11:12 AM
In this country, the party chairman is a symbolic figure. However, in China and Taiwan, the party chairman has much more power than the president under the table. But, I doubt that Mr Ma will concurrently take the chair.
發表: Anonymous | April 8, 2008 12:57 PM
這篇文章最難能可貴的觀點是指出重建法治比重建經濟更刻不容緩。
陳水扁政府八年管治弄得天怒民怨，除了因為家族集體大貪污外，最重要是國家領導人視法律如無物，以致上行下效，各級官員輪流貪污舞弊，盡失民心，也同時使老百姓對法律完全失去了信心。要重拾法治必須要由在上位者起帶頭作用，讓人民明白也相信（即邱先生所說的to be 瑟恩）政府真的有決心改革積弊惡習。
發表: Catherine | April 8, 2008 10:34 PM
這篇文章最難能可貴的觀點是指出重建法治比重建經濟更刻不容緩。
陳水扁政府八年管治弄得天怒民怨，除了因為家族集體大貪污外，最重要是國家領導人視法律如無物，以致上行下效，各級官員輪流貪污舞弊，盡失民心，也同時使老百姓對法律完全失去了信心。要重拾法治必須要由在上位者起帶頭作用，讓人民明白也相信（即邱先生所說的to be seen）政府真的有決心改革積弊惡習。
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發表: Catherine | April 8, 2008 10:36 PM
三一九槍擊案確有必要重新偵査，至少要還給已死而無法為自己申辯的嫌疑犯陳義雄一個公道。由陳義雄家屬提出有關訴訟似乎比較合理。
發表: Danny | April 8, 2008 11:51 PM
（轉載自中新網）中新網3月30日電 臺灣地區領導人選舉之後﹐包括呂秀蓮和謝長廷都主張重啟三一九槍擊案調查﹐呂秀蓮甚至直指﹐她不認為陳義雄是凶手。此話聽在三一九真調會召集委員王清峰耳中﹐委實無限感慨﹐她表示﹐當年在查案時備受刁難﹐如果要再重查﹐她沒有意見﹐但應該回歸司法檢調。
據臺灣《中國時報》報道﹐王清峰表示﹐過去四年調查三一九案﹐困難重重﹐很多時候遭到阻攔﹐但即使如此﹐從可拿到的文件和數據都顯示疑案問題重重﹐但她感慨表示﹐真調會得不到官方部門協助﹐甚至當年全力主張成立真調會的“立法院”也不重視﹐真調會調查結束後﹐送了六七本洋洋灑灑的調查報導﹐卻無人聞問。
她表示﹐三一九槍擊案到現在﹐依舊謎團未解﹐重啟調查當然是必要的﹐但這一定要由司法檢調單位發動﹐不論如何﹐硬栽到陳義雄頭上的“凶手”之名﹐若無具體證據﹐還是要還陳義雄一個公道﹐而陳義雄究竟是否自殺﹐從她了解調查的證據顯示﹐同樣問題非常多。
馬英九蕭萬長辦公室發言人羅智強則表示﹐如果呂秀蓮有這樣的想法﹐檢調機關應特別重視﹐決定何時重啟調查。如果大家對三一九事件都有問題和疑問﹐相信社會期盼見到進一步調查﹐馬英九也會參考各方意見審慎決定。
發表: 一讀者 | April 9, 2008 05:56 PM
司法獨立是指司法機構只根據法律獨立判案，不受他人（特別是政府行政和立法部門）干涉。現代國家保障司法獨立的方法通常是法官一經聘用後，行政和立法部門即不能輕易地將他解除職務或減少薪酬，使法官能安心地工作。
不過，在台灣，司法人員大多是威權時代所養成的，而在威權時代，司法獨立並不存在，因此司法人員的甄選及考核會明顯的偏向威權時代的獨裁者。
到了民主時代，民選政治人物自然比獨裁者尊重司法，但由於過去不當考核的影響，許多司法人員的政治立場及判決方向會有意無意的偏向當時的獨裁者，造成司法雖然獨立、但是不公。
發表: Daniel | April 10, 2008 07:29 PM